Suomen kani- ja jyrsijäliiton korkein päättävä elin on liiton kokous, joita sääntöjen mukaan järjestetään kahdesti vuodessa. Väliaikoina liiton toimintaa pyörittää hallitus liiton kokousten antamien raamien mukaan. Liiton kevät- ja syyskokouksissa jäsenyhdistyksiä edustavat näiden nimeämät edustajat, joilla kullakin on yksi ääni.
Suomen kani- ja jyrsijäliiton jäsenyhdistysten jäsenet voivat vaikuttaa liiton toimintaan oman jäsenyhdistyksensä kautta. Jäsenyhdistykset voivat tuoda liiton syys- ja kevätkokouksiin asioita, joilla kehitetään liiton toimintaa. Myös hallitukselle voi laittaa kehittämisideoita.
Hallitus valitaan aina syyskokouksessa seuraavaksi kalenterivuodeksi. Kokouksessa valitaan hallituksen puheenjohtaja ja 3-7 jäsentä ja näille voidaan valita varajäsenet. Hallitus valitsee keskuudestaan varapuheenjohtajan ja sopii sihteerin ja rahastonhoitajan tehtävien hoidosta.
Suomen kani- ja jyrsijäliiton hallituksen tavoitat ryhmäpostiosoitteella hallitus.skjl(at)gmail.com.
Vuonna 2026 hallitukseen kuuluvat:
Laura Mehtonen (pj), Pia Paananen, Kristiina Saikkonen, Maiju Hyvärinen, Kirsi Granström, Aida Depner, Jessica Gullblom ja Terhi Salminen.