Suomen kani- ja jyrsijäliiton korkein päättävä elin on liiton kokous, joita sääntöjen mukaan järjestetään kahdesti vuodessa. Väliaikoina liiton toimintaa pyörittää hallitus liiton kokousten antamien raamien mukaan. Liiton kevät- ja syyskokouksissa jäsenyhdistyksiä edustavat näiden nimeämät edustajat, joilla kullakin on yksi ääni.
Suomen kani- ja jyrsijäliiton jäsenyhdistysten jäsenet voivat vaikuttaa liiton toimintaan oman jäsenyhdistyksensä kautta. Jäsenyhdistykset voivat tuoda liiton syys- ja kevätkokouksiin asioita, joilla kehitetään liiton toimintaa. Myös hallitukselle voi laittaa kehittämisideoita.
Hallitus valitaan aina syyskokouksessa seuraavaksi kalenterivuodeksi. Kokouksessa valitaan hallituksen puheenjohtaja ja 3-7 jäsentä ja näille voidaan valita varajäsenet. Hallitus valitsee keskuudestaan varapuheenjohtajan ja sopii sihteerin ja rahastonhoitajan tehtävien hoidosta.
Suomen kani- ja jyrsijäliiton hallituksen tavoitat ryhmäpostiosoitteella hallitus(at)skjl.net.
Vuonna 2020 hallitukseen kuuluvat
- Arto Salo, puheenjohtaja ja rahastonhoitaja p. 0500 783 002, arto(at)skjl.net
- Laura Mehtonen, varapuheenjohtaja p. 0400 775 432, laura(at)skjl.net
- Elina Ruha, sihteeri, elina(a)skjl.net
- Piia Niemelä, kasvattajanimet, piia(at)skjl.net